Le code de clearing (souvent appelé numéro de clearing bancaire ou numéro d'identification bancaire) officiel de la Banque Cantonale du Jura (BCJ) est le 789. Dans le système financier et postal suisse, ce code de clearing à trois (ou parfois cinq) chiffres est absolument essentiel, car il permet d'identifier de manière unique l'institution financière lors du traitement et du routage automatisé des transactions de paiement nationales, des virements interbancaires, et des prélèvements automatiques. Pour les transactions financières internationales ou les paiements nécessitant la norme européenne SEPA, la Banque Cantonale du Jura utilise également son code d'identification bancaire international, communément appelé code SWIFT ou code BIC, qui est BCJUCH22 (ou BCJUCH22XXX pour désigner le siège social principal). Ces identifiants garantissent que les fonds transférés parviennent de manière sécurisée et précise au bon établissement jurassien.