Operar con Grupo Financiero Inbursa presenta ciertas desventajas señaladas por los usuarios, entre las que destacan una red de sucursales físicas más reducida en comparación con otros gigantes bancarios tradicionales del país, lo cual obliga a depender en gran medida de canales digitales o alianzas con tiendas comerciales. Asimismo, algunos clientes reportan procesos burocráticos lentos en la atención al cliente dentro de las sucursales, comisiones por manejo de cuenta o saldo mínimo en ciertos productos de débito si no se cumplen requisitos específicos de consumos o depósitos, y plataformas de banca móvil que ocasionalmente reciben calificaciones mixtas en cuanto a diseño e inmediatez operativa frente a competidores totalmente digitales.