Operacyjnym zarządzaniem spółką Lubelski Węgiel Bogdanka zajmuje się powołany przez radę nadzorczą zarząd pod kierownictwem prezesa, wspierany przez wiceprezesów odpowiedzialnych za poszczególne obszary działalności, takie jak produkcja, finanse oraz rozwój techniczny. Nadzór właścicielski nad całą spółką sprawuje państwowa grupa energetyczna Enea S.A., posiadająca pakiet kontrolny akcji, przy jednoczesnym przestrzeganiu rygorystycznych standardów ładu korporacyjnego obowiązujących spółki giełdowe.