Die Aktionärsstruktur der M1 Kliniken AG ist durch einen hohen Anteil an festen strategischen Beteiligungen und institutionellen Investoren geprägt. Den größten Kernaktionär bildet die MPH Health Care AG, eine ebenfalls börsennotierte Beteiligungsgesellschaft, die eine Mehrheit von knapp 62 % der Anteile an der M1 Kliniken AG hält und somit maßgeblichen Einfluss ausübt. Der verbleibende Anteil der Aktien befindet sich im Streubesitz (Free Float) bei privaten und institutionellen Anlegern, wobei das Unternehmen in den vergangenen Jahren zudem eigene Aktien zurückgekauft und eingezogen hat, um die Kapitalstruktur zu optimieren.