Die Allgeier SE wird operativ von erfahrenen Mitgliedern des Vorstandes geleitet. Nach früheren Wechseln an der Unternehmensspitze, bei denen langjährige Vorstände wie Carl Georg Dürschmidt in den Aufsichtsrat wechselten, führen geschäftsführende Vorstandsmitglieder die strategische Ausrichtung und das operative Tagesgeschäft des IT-Dienstleisters.